بالتدريس حتى تم اختياره لمنصب المفتي فى الثالث من يونيو عام ١٨٩٩م ٢٤ محرم ۱۳۱۷هـ وتبعاً لذلك أصبح عضواً في مجلس الأوقاف الأعلى وعين عضواً في مجلس شورى القوانين فى الخامس والعشرين من يونيو عام ۱۸۹۰م وأسس جمعية إحياء العلوم العربية لنشر المخطوطات سنة ١٩٠٠م زار العديد من الدول الأوروبية والعربية
شغل الشيخ محمد عبده منصب المفتى عقب صدور قرار من الخديوي عباس
حلمي بفصل الإفتاء عن مشيخة الأزهر فكان أول مفت للديار المصرية يُعدّ الإمام محمد عبده واحدًا من أبرز المجددين في الفقه الإسلامي في العصر الحديث وأحد دعاة الإصلاح وأعلام النهضة العربية الإسلامية الحديثة فقد أسهم بعلمه ووعيه واجتهاده فى تحرير العقل العربي من الجمود الذي أصابه لعدة قرون كما شارك فى إيقاظ وعي ا الأمة نحو التحرر وبعث الوطنية وإحياء الاجتهاد الفقهي لمواكبة التطورات السريعة فى العلم ومسايرة حركة المجتمع وتطوره في مختلف النواحى السياسية والاقتصادية والثقافية
ومن جهوده في الإصلاح دعوته إلى نشر التعليم الصحيح بين أفراد الشعب واستخدام الصحافة في محاربة الفساد وتنبيه الوعي القومي والتدرج في الحكم النيابي بالتوسع فى سلطة مجالس المديريات ناهض الاحتلال الأجنبي أشكاله في كتاباته وحثّ على الإصلاح الاجتماعي وتوثيق الروابط
بجميع
بين الشعوب الإسلامية
حاول إصلاح أساليب الكتاب بما كان يقدمه من نماذج وبما كان يلفت إليه نظر الصحف من رداءة أسلوبها وإلزام أصحابها أن يختاروا من الكتاب من يرفع مستوى الكتابة وقد تأثر به العديد من رواد النهضة مثل عبد الحميد بن باديس ورشيد رضا وعبدالرحمن الكواكبي