تولى رفاعة في آخر حياته تحرير مجلة الروضة التي اعتادت أن تلحق بأعدادها كتبا ألفت لها على أجزاء توزع مع كل عدد من أعدادها بحيث تكون في النهاية كتابا مستقلاً فنشرت كتاب آثار الأفكار ومنثور الأزهار لعبد الله فكري وحقائق الأخبار في أوصاف البحار لعلي مبارك والصحة التامة والمنحة العامة للدكتور محمد بدر و القول السديد فى الاجتهاد والتجديد للطهطاوي من أهم كتب رفاعة الطهطاوي مناهج الألباب المصرية في مباهج الآداب العصرية المرشد الأمين فى تربية البنات والبنين أنوار توفيق الجليل في أخبار مصر وتوثيق بني إسماعيل نهاية الإيجاز فى سيرة ساكن الحجاز وهو آخر كتاب ألفه الطهطاوي وسلك فيه مسلكا جديدا في تأليف السيرة النبوية تبعه فيه المحدثون
وترجم ما يزيد عن خمسة وعشرين كتابًا وذلك غير ما أشرف عليه من الترجمات وما راجعه وصححه وهذبه ومن أعظم ما قدمه الرجل تلاميذه النوابغ الذين حملوا مصر فى نهضتها الحديثة وقدموا للأمة أكثر من ألفي كتاب خلال أقل من أربعين عاما ما بين مؤلف ومترجم
وافته المنية فى الأول من ربيع الآخر ١٢۹۰هـ ٢٧ من مايو ١٨٧٣م
رثاه أمير الشعراء أحمد شوقي بأبيات منها
يَا ابنَ الذِي أَيُقظَتْ مِصرَ مَعَارِفُهُ * أَبُوكَ كَانَ لأَبْنَاءِ البلاد أبــا